《游戏王-怪兽之决斗》改编自漫画《游戏王》，于2000-2004年之间在东京电视台播出。故事以漫画剧情为主，但因为中途漫画故事情节进度跟不上，故加插大量漫画没有的剧情和人物。此举为脱离“原作”独立创作故事奠定下基础。决斗者王国篇一卷神秘的录像带，千年神器中千年眼的拥有者，贝卡斯·J·克罗佛多在录像带中使用黑暗决斗向武藤游戏挑战，但武藤游戏却因为时间终止而败北，武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封印卡中（漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带），武藤游戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷，与伙伴们前往决斗者王国找贝卡斯决斗，与互信的伙伴们以及心中的另一个自己并肩作战。战斗城市前篇决斗者王国一战结束，武藤游戏的知名度瞬间上升，神秘的埃及石板来到日本展览，牵扯出千年神器的秘密、三千年前的战斗、三张神之卡，还有隐藏在千年积木中的无名法老王的记忆，海马濑人在一个机缘下得到了神之卡的其中一张：欧贝利斯克的巨神兵，而他为了得到剩余的二张神之卡，在童实野市举办了战斗城市大赛，并且以赌牌当作规则，同时新的次世代决斗盘也跟着亮相，而武藤游戏为了寻找心中的另一个自己的记忆，也就是无名法老王的记忆，必须搜集三张神之卡，也参加了这场大赛，各路好手为了搜集六张拼图卡，得到最后的参赛权，纷纷展开决斗；神秘的古鲁斯集团派出的蕾雅卡猎人也参杂其中。乃亚篇（动画原创）战斗飞行船行驶人工岛的途中，飞行船系统却遭受到外来的入侵改写了系统，因而改变了航线，阻挡在武藤游戏等人面前的这个巨大机动要塞究竟是什么？而又出现了神秘的人，自称是“五巨头”，他们还要武藤游戏等人的身体，一场赌上各人性命的决斗，而他们又发现五大老的头，叫乃亚的小孩，却是刚三郎（海马的养父）的儿子！！一场大战即将展开。战斗城市后篇战斗城市最终决战开始，每个决斗者都各自有战斗的理由，城之内为了成为真正的决斗者、救出被马利克进行黑暗游戏惩罚的孔雀舞，海马为了与宿...